Na razini Zavoda organizirana je dnevna bolnica.
Zavod za pulmologiju s alergologijom i kardiologiju s reumatologijom obavlja obradu i liječenje djece s akutnim i kroničnim bolestima respiratornog sustava, kao i djece s alergijskim bolestima. Također se liječe djeca s urođenim i stečenim bolestima srca, reumatskim bolestima te ostalim upalnim bolestima vezivnog tkiva. Rad se odvija kroz stacionar, dnevnu bolnicu, laboratorij za respiratornu funkcionalnu dijagnostiku, laboratorij za bronhoskopiju, alergološki laboratorij, laboratorij za funkcionalnu dijagnostiku srca (EKG, ergometrija, holter EKG), laboratorij za ultrazvučnu dijagnostiku, dnevnu bolnicu te subspecijalističke ambulante. Kroz ''Astma školu'' provodi se edukacija djece i roditelja.