Klinički zavod za mikrobiologiju i parazitologiju

Mikrobiološka djelatnost u bolnici postoji od 1977. godine  kada je dr. Mario Milas počeo opremati mikrobiološki laboratorij koji je nazvan Odsjek za mikrobiologiju, a tada je bio u sklopu Odjela za medicinsku laboratorijsku dijagnostiku. Od 1993. godine, mikrobiološki odsjek postaje samostalni Odjel za kliničku mikrobiologiju i parazitologiju. Prvi voditelj Odjela je bio, do odlaska u mirovinu 1996. godine, prof. dr. sc. Bashkim Agolli. Od svibnja 2010. godine, Odjel postaje Klinički zavod za mikrobiologiju i parazitologiju, a predstojnica Zavoda je, do odlaska u mirovinu 2012. godine, bila prof. dr. sc. Volga Punda Polić. 

Vanjska kontrola kvalitete
Kvaliteta rada u Klin. zavodu za mikrobiologiju i parazitologiju kontrolira se vanjskom kontrolom kvalitete rada preko:

  1. Odbora za praćenje rezistencije bakterija na antibiotike u RH pri Akademiji medicinskih znanosti Hrvatske (dva puta godišnje),
  2. Referentnog centra za Mycobacterium tuberculosis u RH (dva puta godišnje),
  3. EARSS (European Antibiotic Resistance Surveillance Study) (jednom godišnje),
  4. UK NEQUAS (United Kingdom National External Quality Assessment Service) (jednom mjesečno).

Praćenje podataka o rezistenciji bakterija na antibiotike, potrošnji antibiotika i pretragama
Svake godine tijekom tromjesečnog razdoblja obrađuju se podaci o rezistenciji najčešćih bakterijskih izolata na antibiotike kao i osjetljivosti uzročnika tuberkuloze na antituberkulotike. Rezultati se prikazuju u godišnjoj publikaciji Odbora za praćenje rezistencije bakterija na antibiotike Akademije medicinskih znanosti Hrvatske.
Također se prati godišnja potrošnja antibiotika na razini cijelog KBC-a i u jedinicama intenzivnog liječenja. Podaci o potrošnji antibiotika također se publiciraju u spomenutoj publikaciji.
Podaci o vrstama i broju mikrobioloških pretraga sakupljaju se i obrađuju na godišnjoj razini i publiciraju u Hrvatskom zdravstveno-statističkom ljetopisu te objavljuju na portalu www.hcjz.hr.

Bakteriološke pretrage uzorka iz dišnog sustava te oka i uha
PRETRAGE METODE

Bakteriološka pretraga:

  • brisa ždrijela
  • brisa nazofarinksa
  • brisa usne šupljine
  • brisa spojnice oka
  • brisa vanjskog zvukovoda
Kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

Bakteriološka pretraga: 

  • iskašljaja
  • aspirata traheje
  • bronhoalveolarnog lavata (BAL)
  • mini BAL-a
  • uzoraka dobivenih četkicom
  • punktata sinusa
  • sadržaja srednjeg uha uzetog  
  •  timpanocentezom
Mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove
Detekcija antigena Streptococcus pyogenes Imunokromatografski test

 

Bakteriološke pretrage primarno sterilnih uzoraka
PRETRAGE METODE
Bakteriološka pretraga krvi (hemokultura) Kultura, mikroskopski preparat, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove
Bakteriološka pretraga intravaskularnih katetera (ispirak, vrh) Kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove
Bakteriološka pretraga cerebrospinalnog likvora Mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

Bakteriološka pretraga ostalih primarno sterilnih uzoraka:

  • ascites
  • pleuralni punktat
  • perikardijalni punktat
  • dijalizat
  • zglobna tekućina
  • očna vodica
  • majčino mlijeko
  • po potrebi i ostali uzorci
Mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove
Bakteriološka provjera sterilnosti transfuzijskih pripravaka Kultura, mikroskopski preparat, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

 

Bakteriološke pretrage uzorka kože i tkiva
PRETRAGE METODE

Bakteriološka obrada:

  • intraoperativnih uzoraka
  • bioptata kože i tkiva
  • briseva kožnih promjena
  • briseva i aspirata akutnih i kroničnih rana
  • sadržaja i briseva drena
  • aspirata apscesa
  • stranih tijela
Mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

 


 

Bakteriološke pretrage uzorka iz spolno-mokraćnog sustava
PRETRAGE METODE
Bakteriološka pretraga urina

Kultura, broj CFU/ml, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

Bakteriološke pretrage:

brisa cerviksa
brisa rodnice
brisa uretre
eksprimata prostate

Mikroskopski preparat, kultura, identifikacija, ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

Pretraga na Ureaplasma urealyticum /parvum i Mycoplasma hominis iz uzoraka:

  • brisa uretre
  • brisa cerviksa
  • urina
  • ejakulata
Identifikacija, kvantifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove
Detekcija Legionella antigena u urinu Imunokromatografski test

 

Bakteriološke pretrage uzoraka iz probavnog sustava
PRETRAGE METODE

Osnovna bakteriološka pretraga stolice:

  • Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp.
Kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove (po potrebi)

Dodatna bakteriološka pretraga stolice:

  • enteropatogena E. coli (EPEC)
  • Yersinia spp.
  • Vibrio spp. 

Kultura i identifikacija 

Dodatna bakteriološka pretraga stolice na enterohemoragičnu E. coli (EHEC) te detekcija verotoksina 1 i 2 Imunokromatografski/imunoenzimski test, kultura i identifikacija 
Pretraga stolice na toksigeni Clostridioides difficille 
  1. Imunokromatografski/imunoenzimski test za detekciju GDH antigena i toksina A i B
  2. molekularna dijagnostika (LAMP/NAAT)
Bakteriološka pretraga bioptata želučane sluznice na Helicobacter pylori Kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove
Detekcija antigena Helicobacter pyloriu stolici

Imunokromatografski/imunoenzimski test

   
   
   

 

Nadzorne kulture
PRETRAGE METODE

Bakteriološki bris:

  • nosa
  • ždrijela
  • nazofarinksa
  • pazuha
  • pupka
  • prepone
  • perineuma i rektuma
Kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove (po potrebi)
Ostali uzorci (urin, aspirat traheje, aspirat bronha i drugo po potrebi) Kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove (po potrebi)

 

Bakteriološke pretrage s ciljem nadzora bolničkih infekcija
PRETRAGE METODE

Bakteriološka pretraga: 

  • uzoraka zraka
  • briseva nežive okoline
  • otisaka ruku
Kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove (po potrebi)
Bakteriološka provjera endoskopa (gastroskopa, bronhoskopa) Kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove (po potrebi)
Biološka kontrola sterilizacije (spore) Kultura i identifikacija

 

 

Virološke pretrage uzoraka iz dišnog sustava
PRETRAGE METODE
Detekcija antigena virusa influence Imunokromatografski test
Detekcija antigena RSV i adenovirusa

Imunokromatografski test

Detekcija antigena SARS-CoV-2 Imunokromatografski test

 

Virološke pretrage uzoraka iz probavnog sustava
PRETRAGE METODE

Pretraga stolice na:

rotavirus
adenovirus
norovirus

Imunokromatografski test

 

 

Parazitološke pretrage uzoraka iz spolno-mokraćnog sustava
PRETRAGE METODE

Pretraga na Trichomonas vaginalis iz uzoraka:

  • brisa uretre
  • brisa cerviksa/rodnice
  • ejakulata
Mikroskopski preparat i identifikacija

 

 

 

Parazitološke pretrage uzoraka iz probavnog sustava
PRETRAGE METODE
Parazitološka pretraga stolice Makroskopski pregled, nativni mikroskopski preparat, metoda koncentracije dijagnostičkih stadija parazita (MIFC)
Parazitološka pretraga duodenalnog soka Mikroskopski pregled
Perianalni (celofanski) otisak Mikroskopski pregled
Parazitološka pretraga stolice na Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba Imunokromatografski/imunoenzimski test

 

Mikološke pretrage uzoraka na kvasce i plijesni
PRETRAGE  METODE

Mikološka pretraga primarno sterilnih uzoraka:

  • hemokultura
  • cerebrospinalni likvor
  • perikardijalni punktat
  • pleuralni punktat
  • ascites
  • dijalizat
Direktni mikroskopski preparat, kultivacija, identifikacija i ispitivanje in vitro osjetljivosti kvasaca na antifungike po potrebi 

Mikološka obrada:

  • sadržaja apscesa
  • bioptata
  • intraoperativnih uzoraka
  • punktata
  • briseva rana i kožnih promjena
Direktni mikroskopski preparat, kultivacija, identifikacija i ispitivanje in vitro osjetljivosti kvasaca na antifungike po potrebi

Mikološka pretraga uzoraka iz gornjeg i donjeg dišnog sustava:

bris nosa
bris nazofarinksa
bris usne šupljine
bris ždrijela
bris kanile
bris spojnice oka
bris uha
sekret sinusa
iskašljaj
apirat traheje
BAL

Direktni mikroskopski preparat, kultivacija, identifikacija i ispitivanje in vitro osjetljivosti kvasaca na antifungike po potrebi

Mikološka pretraga uzoraka iz spolno-mokraćnog sustava:

  • bris cerviksa
  • bris uretre
  • bris vagine
  • urinokultura
Direktni mikroskopski preparat, kultivacija, identifikacija i ispitivanje in vitro osjetljivosti kvasaca na antifungike po potrebi

 

Mikološke pretrage s ciljem nadzora bolničkih infekcija
PRETRAGE METODE
Mikološka pretraga uzoraka zraka i uzoraka nežive okoline Kultura i identifikacija

 

 



Serološke pretrage
PRETRAGE za dokazivanje protutijela na bakterijske antigene u serumu bolesnika METODE za dokazivanje protutijela na bakterijske antigene u serumu bolesnika

Streptococcus pyogenes

AST-O (antistreptolizin O) titar

nefelometrija

serološka dijagnostika sifilisa

VDRL, RPR-brzi plazma reaginski test, Treponema pallidum hemaglutinacijski test (TPHA)

Salmonella spp.

aglutinacija po Widalu

Brucella spp.

kvantitativna aglutinacija po Wrightu, kvalitativni Brucelloslide test (Rose Bengal antigen)

Yersinia enterocolitica 03 i 09

test aglutinacije s antigenima uzročnika

Mycoplasma pneumoniae

ELISA

Chlamydophila pneumoniae

ELISA

Legionella pneumophila ELISA
Coxiella burnetii  IFA
Bartonella henselae IFA
Bartonella qiuntana  IFA
Rickettsia conorii IFA
Rickettsia typhi IFA
Epstein-Barr virus (EBV)

IgM na VCA (ELISA, CLIA)

IgG na VCA (ELISA, CLIA)

IgG EBNA (ELISA, CLIA)

test za dokaz heterofilnih protutijela po Paul-Bunnellu

Cytomegalovirus (CMV) IgM, IgG (ELISA, CLIA)
virus herpes simplex 1 i 2 IgM, IgG (ELISA, CLIA)
virus ospica  IgM, IgG (ELISA)
Rubella virus IgM, IgG (ELISA)
HHV-6 IgG (ELISA)
VZV IgG (ELISA)
Parvo B19 IgM, IgG (ELISA)
adenovirusi IgM, IgG (ELISA)

PRETRAGE za dokazivanje protutijela  kod reumatoidnih stanja i autoimunih bolesti

  • AST-O (nefelometrija), Lateks RF - Lateks reuma faktor (anti IgG), WR-Waaler-Rose test (anti IgG) (IHA)

PRETRAGE za dokazivanje stvaranja interferona-gama na peptidne antigene Mycobacterium tuberculosis 

  • QuantiFERON-TB test (ELISA)

 

PRETRAGE za dokazivanje protutijela na antigene tkivnih parazita METODE za dokazivanje protutijela na antigene tkivnih parazita
Toxoplasma gondii ELISA, CLIA
Echinococcus granulosus IHA
Leishmania donovani IFA

 

Molekularna dijagnostika
PRETRAGE METODE
detekcija i kvantifikacija DNK hepatitis B virusa (HBV) iz uzoraka plazme ili seruma PCR u realnom vremenu
detekcija i kvantifikacija RNK hepatitis C virusa (HCV) iz uzoraka plazme ili seruma PCR u realnom vremenu
genotipizacija hepatitis C virusa (HCV) iz uzoraka plazme ili seruma PCR u realnom vremenu + hibridizacija nukleinskih kiselina

detekcija i kvantifikacija DNK citomegalovirusa (CMV) iz uzoraka:

  • krvi
  • likvora
  • urina
PCR u realnom vremenu

Detekcija i kvantifikacija DNK Epstein-Barr virusa (EBV) iz uzoraka:

  • krvi
  • likvora
PCR u realnom vremenu

Detekcija DNK herpes simplex virusa 1 i 2 (HSV1 i HSV2) iz uzoraka:

  • likvora
  • obriska dna herpetične lezije
PCR u realnom vremenu

 Detekcija DNK varicella-zoster virusa (VZV) iz uzoraka:

  • likvora
  • obriska dna herpetične lezije
PCR u realnom vremenu

detekcija DNK Chlamydia trachomatis iz uzoraka:

  • brisa cerviksa
  • brisa uretre
  • urina
  • brisa spojnice oka 
PCR u realnom vremenu
detekcija RNK SARS-CoV-2 virusa iz uzoraka brisa nazofarinksa i orofarinksa RT-PCR u realnom vremenu
„brza“ detekcija RNK SARS-CoV-2 virusa iz uzoraka brisa nazofarinksa i orofarinksa („suhi bris“) RT-PCR u realnom vremenu

Detekcija nukleinske kiseline virusa, bakterija i gljiva u uzorcima likvora - Meningitis/Encefalitis panel: 

Bakterije:

  • Escherichia coli K1
  • Haemophilus influenzae
  • Listeria monocytogenes
  • Neisseria meningitidis
  • Streptococcus agalactiae
  • Streptococcus pneumoniae

Virusi:

  • Cytomegalovirus
  • Enterovirus
  • Herpes simplex virus 1
  • Herpes simplex virus 2
  • Humani herpes virus 6
  • Humani parechovirus
  • Varicella zoster virus

Kvasac:

  • Cryptococcus neoformans/gattii
Multiplex PCR 

Detekcija nukleinske kiseline virusa, bakterija i gena rezistencije iz uzoraka sputuma, endotraheaalnog aspirata te bronhoalveolarnog lavata – Pneumonia panel plus:

Bakterije (semikvantitativno):

  • Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex
  • Enterobacter cloacae complex
  • Escherichia coli
  • Haemophilus influenzae
  • Klebsiella aerogenes
  • Klebsiella oxytoca
  • Klebsiella pneumoniae
  • Moraxella catarrhalis
  • Proteus spp.
  • Pseudomonas aeruginosa
  • Serratia marcescens
  • Staphylococcus aureus
  • Streptococcus agalactiae
  • Streptococcus pneumoniae
  • Streptococcus pyogenes

Atipične bakterije (kvalitativno):

  • Chlamydia pneumoniae
  • Legionella pneumophila
  • Mycoplasma pneumoniae

Virusi:

  • Adenovirus
  • Coronavirus
  • Humani metapneumovirus
  • Humani Rhinovirus/Enterovirus
  • Influenza A, B
  • MERS-CoV
  • Parainfluenza virus
  • RSV

Geni rezistencije:

Karbapenemaze: IMP, KPC, NDM, OXA-48 „like”, VIM, ESBL: CTX-M, Meticilinska rezistencija: MecA/C i MREJ (MRSA)

Multiplex PCR

Detekcija nukleinske kiseline virusa i bakterija iz brisa nazofarinksa – Respiratorni panel 2 plus:

Bakterije:

  • Bordetella parapertussis 
  • Bordetella pertussis
  • Chlamydia (Chlamydophila) pneumoniae
  • Mycoplasma pneumoniae

Virusi:

  • Adenovirus
  • Coronavirus HKU1
  • Coronavirus NL63
  • Coronavirus 229E
  • Coronavirus OC43
  • Humani metapneumovirus
  • Humani Rhinovirus/Enterovirus
  • RSV
  • MERS-CoV
  • Influenza A, B
  • Influenza A/H1
  • Influenza A/H1-2009
  • Influenza A/H3
  • Parainfluenza virus 1
  • Parainfluenza virus 2
  • Parainfluenza virus 3
  • Parainfluenza virus 4

Multiplex PCR

 

 

Kontakt
Voditeljica
prof. dr. sc. prim. Marija Tonkić, dr. med.
Glavna inženjerka
Kristina Bilonić, med. lab. ing.