Na razini Zavoda organizirana je dnevna bolnica.
Zavod za nefrologiju i gastroenterologiju s hepatologijom obavlja obradu i liječenje djece oboljele od akutnih i kroničnih bolesti mokraćnog sustava, obradu i liječenje akutnih i kroničnih gastroenteroloških bolesti i bolesti jetre. Na Zavodu se provodi peritonejska dijaliza. Rad se odvija kroz stacionar, dnevnu bolnicu, laboratorij za endoskopsku dijagnostiku, ultrazvučnu dijagnostiku, laboratorij za dijagnostiku mokraćnog sustava te subspecijalističke ambulante. Provodi se edukacija roditelja djece na peritonijskoj dijalizi.